Les débuts de l'AJA. Émanation du patronage Saint-Joseph, le club de l'Association de la Jeunesse Auxerroise est fondé en 1905 par l'abbé Deschamps. Sous la houlette de l'homme d'Église, l'A.J.A. obtient rapidement d'honorables résultats, devenant l'un des bastions de la très catholique F.G.S.P.F. En 1908, l'AJA dispute même la finale du championnat de France F.G.S.P.F., mais s'incline 8-1 face aux Parisiens du Patronage Olier. À la fin de la première guerre mondiale, l'A.J.A. est expulsée du terrain qu'elle occupait aux Ocreries. L'abbé Deschamps fait alors l'acquisition de nombreuses parcelles de terrain le long de l'Yonne sur la route de Vaux (futur Stade de l'Abbé-Deschamps). Telle une abbaye médiévale, l'A.J.A. n'eut de cesse, depuis cette date, de faire fructifier ce capital... Aujourd'hui, l'AJA est le seul club de Ligue 1 propriétaire de son stade.
* 1905 : l'Abbé Deschamps dépose en préfecture les statuts d'une nouvelle association, dont le but est d'encadrer la jeunesse grâce à la pratique sportive. L'Association de la Jeunesse Auxerroise est officiellement créée le 29 décembre 1905. Il s'agit d'un club omnisport, regroupant des disciplines diverses telles que gymnastique, escrime, athlétisme...
* 1906 : création de la section football. L'équipe joue en noir jusqu'en 1908.
* 1918 : l'A.J.A. participe à la première Coupe de France.
* 1929 : l'A.J.A. est champion de l'Yonne.
* 1949 : décès de l'Abbé Deschamps, le 1er décembre. Son nom est donné au stade de la route de Vaux l'année suivante.
* 1952 : Guy Roux signe sa première licence à l'A.J.A., en équipe minime.
* 1961 : Guy Roux devient entraîneur-joueur.
* 1970 : l'A.J.A. accède au championnat de France Amateur.
* 1974 : le club accède au championnat de France de 2e division.
* 1979 : l'A.J.A. accède à la renommée nationale en atteignant à la surprise générale la finale de la Coupe de France, ne s'inclinant qu'en prolongation (1-4) face au vice-champion de Division 1, Nantes.
* 1980 : l'A.J.A. accède en première division.
* 1982 : Inauguration du Centre de formation de l'AJ Auxerre.
* 1984 : le club se qualifie pour une coupe européenne (UEFA) pour la première fois et s'incline au premier tour (0-2, 2-2) face au Sporting Lisbonne.
* 1993 : l'A.J.A. élimine en quart de finale de la Coupe UEFA l'Ajax Amsterdam, tenant du titre (4-2, 1-0).
* 1993 : Malgré les buts de Verlaat et de Martins, l'A.J.A. s'incline aux tirs aux buts en demi-finale de la Coupe UEFA face au Borussia Dortmund (0-2, 2-0, 5 aux tirs aux buts à 6).
* 1994 : l'A.J.A. remporte sa première Coupe de France en battant Montpellier 3-0.
* 1996 : l'A.J.A. remporte son premier titre de Champion de France et réalise le doublé en battant Nîmes 2-1 en finale de la Coupe de France.
* 2003 : l'A.J.A remporte sa troisième Coupe de France en battant le PSG 2-1, avec deux buts dans les 10 dernière minutes
* 2005 : L'A.J.A. est éliminé par le CSKA Moscou en Coupe UEFA, futur gagnant (0-4, 2-0).
* 2005 : l'A.J.A remporte face à Sedan sa quatrième Coupe de France sur le score de 2-1 grâce à un but de Bonaventure Kalou à la dernière minute de jeu.
* 2005 : après 44 ans en tant qu'entraîneur, Guy Roux quitte son poste, il est remplacé par Jacques Santini le 7 juin.
* 2006 : Le Challenge Guy Roux, sorte de jubilé, est organisé en hommage à Guy Roux. Il se déroule le 16 mai.
* 2006 : en conflit avec ses dirigeants depuis plusieurs mois, le contrat de Jacques Santini est résilié le 16 mai après une seule saison à la barre de l'équipe première.
* 2006 : Jean Fernandez est nommé entraîneur d'Auxerre le 20 mai pour une durée de trois ans.
* 2006 : le 14 décembre, l'AJA dispute son centième match européen.
* 2007 : le 14 avril à l'occasion de la 32ème journée du Championnat de France de football L1 2006-2007, l'AJA dispute son millième match en première division.
L'équipe comporte des internationaux tels que Thomas Kahlenberg, Kanga Akalé, Stéphane Gritching, Daniel Niculae et Ireneusz Jelen
